El Reiki fue redescubierto alrededor de 1870, por este doctor y sacerdote japonés quien, según algunas fuentes, enseñaba en la Universidad cristiana Doshisha, de Kyoto (Japón).
Un día sus alumnos le preguntaron cómo sanaba Jesucristo a los enfermos. Le recordaron el pasaje en que se indica que Jesús dijo "el que crea en Mí realizará las obras que Yo hago, y aún las hará más grandes". Recordaron que no existía en el Mundo ningún sanador capaz de realizar esas curaciones.
Usui no supo responder y como el código de honor japonés obliga al maestro a responder todas las preguntas de sus discípulos, empezó una búsqueda que duró diez años y que le llevaría a sentar las bases del Reiki.
Según una versión, Usui viajó a Estados Unidos, donde permaneció siete años en la Universidad de Chicago estudiando teología y las sagradas escrituras que narraban las curaciones de Jesucristo. Aunque no encontró los secretos de los milagros de Jesús, estudió la historia comparada de las religiones y descubrió indicios de que el primer Buda, Gautama Sidharta (620-543 a. C), había realizado curaciones similares a las de Jesús. También aprendió a leer sánscrito, que era el antiguo idioma litúrgico de India y Tíbet.
Siguiendo esta pista, Usui viajó a India y Tíbet, donde continuó su búsqueda en los monasterios budistas, estudiando los sutras indios, chinos y tibetanos. Los monjes le decían que el hombre tuvo la facultad de sanar el cuerpo en épocas pasadas, pero que se había perdido porque los monasterios se habían orientado únicamente hacia la sanación del espíritu, olvidándose en parte del cuerpo físico.
Mikao Usui regresó a Japón y siguió investigando tenazmente y visitando monasterios .Y por fin en uno de ellos, creyó haber encontrado la respuesta que buscaba en un manuscrito, en el que un discípulo de Buda constataba la existencia de unos símbolos y procedimientos que se remontaban a al año 2500 a C., afirmando que Buda los había utilizado en curaciones, similares a las de Jesús, y también se revelaba la forma de transmitir esas facultades a otras personas
Mikao Usui comunicó su hallazgo al abad del monasterio, que era un maestro Zen. Juntos decidieron que Usui debía aislarse en meditación, ayuno y oración en la montaña sagrada de Kuriyama, a 25 kilómetros de Kyoto, durante tres semanas. Una vez allí coloco 21 piedras en el suelo para llevar la cuenta de los días quitando una cada vez. Así pasaron los veinte primeros días sin que ocurriera nada significativo, hasta que al amanecer del día veintiuno vio acercarse una especie de esfera luminosa que se dirigía hacia él, y aunque su primera reacción fue huir, decidió aceptar la realidad tal como se presentara; entonces la luz le penetró por el tercer ojo (entre las cejas), se desvaneció y vio envueltos en burbujas de luz los símbolos Reiki, que se le quedaron grabados de forma indeleble..
Además con cada símbolo se le informó sobre la forma de utilizarlos para activar la Energía Universal Sanadora. Así fueron revelados los métodos de esta técnica ancestral de sanación y tuvo lugar la primera sintonización o alineamiento Reiki
